Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). Acta Cryst. D68, 352–367.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
Akira, S., Uematsu, S. & Takeuchi, O. (2006). Cell, 124, 783–801.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Bell, J. K., Mullen, G. E., Leifer, C. A., Mazzoni, A., Davies, D. R. & Segal, D. M. (2003). Trends Immunol. 24, 528–533.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Botos, I., Segal, D. M. & Davies, D. R. (2011). Structure, 19, 447–459.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Clabbers, M. T. B., Holmes, S., Muusse, T. W., Vajjhala, P. R., Thygesen, S. J., Malde, A. K., Hunter, D. J. B., Croll, T. I., Flueckiger, L., Nanson, J. D., Rahaman, M. H., Aquila, A., Hunter, M. S., Liang, M., Yoon, C. H., Zhao, J., Zatsepin, N. A., Abbey, B., Sierecki, E., Gambin, Y., Stacey, K. J., Darmanin, C., Kobe, B., Xu, H. & Ve, T. (2021). Nat. Commun. 12, 2578.  Web of Science CrossRef PubMed Google Scholar
Clabbers, M. T. B., Shiriaeva, A. & Gonen, T. (2022). IUCrJ, 9, 169–179.  Web of Science CrossRef CAS PubMed IUCr Journals Google Scholar
Clabbers, M. T. B. & Xu, H. (2021). Acta Cryst. D77, 313–324.  Web of Science CrossRef IUCr Journals Google Scholar
Cole, L. E., Laird, M. H., Seekatz, A., Santiago, A., Jiang, Z., Barry, E., Shirey, K. A., Fitzgerald, K. A. & Vogel, S. N. (2010). J. Leukoc. Biol. 87, 275–281.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Danelius, E., Halaby, S., van der Donk, W. A. & Gonen, T. (2021). Nat. Prod. Rep. 38, 423–431.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Dinarello, C. A. (2011). Blood, 117, 3720–3732.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G. & Cowtan, K. (2010). Acta Cryst. D66, 486–501.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
Evans, P. (2006). Acta Cryst. D62, 72–82.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
Fromme, P. & Spence, J. C. H. (2011). Curr. Opin. Struct. Biol. 21, 509–516.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Gemmi, M., Mugnaioli, E., Gorelik, T. E., Kolb, U., Palatinus, L., Boullay, P., Hovmöller, S. & Abrahams, J. P. (2019). ACS Cent. Sci. 5, 1315–1329.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Gillman, C., Bu, G., Danelius, E., Hattne, J., Nannenga, B. L. & Gonen, T. (2024). J. Struct. Biol. X, 9, 100102.  PubMed Google Scholar
Gillman, C., Nicolas, W. J., Martynowycz, M. W. & Gonen, T. (2023). IUCrJ, 10, 430–436.  Web of Science CrossRef CAS PubMed IUCr Journals Google Scholar
Hattne, J., Shi, D., Glynn, C., Zee, C. T., Gallagher-Jones, M., Martynowycz, M. W., Rodriguez, J. A. & Gonen, T. (2018). Structure, 26, 759–766.e4.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Hauenstein, A. V., Zhang, L. & Wu, H. (2015). Curr. Opin. Struct. Biol. 31, 75–83.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Huang, Z., Willhammar, T. & Zou, X. (2021). Chem. Sci. 12, 1206–1219.  Web of Science CrossRef CAS Google Scholar
Jana, M., Palencia, C. A. & Pahan, K. (2008). J. Immunol. 181, 7254–7262.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Jang, T.-H. & Park, H. H. (2014). J. Mol. Biol. 426, 3305–3313.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Jiménez-Dalmaroni, M. J., Gerswhin, M. E. & Adamopoulos, I. E. (2016). Autoimmun. Rev. 15, 1–8.  PubMed Google Scholar
Jin, M. S., Kim, S. E., Heo, J. Y., Lee, M. E., Kim, H. M., Paik, S.-G., Lee, H. & Lee, J.-O. (2007). Cell, 130, 1071–1082.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Kabsch, W. (2010). Acta Cryst. D66, 125–132.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
Kagan, J. C., Magupalli, V. G. & Wu, H. (2014). Nat. Rev. Immunol. 14, 821–826.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Kang, J. Y., Nan, X., Jin, M. S., Youn, S. J., Ryu, Y. H., Mah, S., Han, S. H., Lee, H., Paik, S.-G. & Lee, J.-O. (2009). Immunity, 31, 873–884.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Kawai, T. & Akira, S. (2010). Nat. Immunol. 11, 373–384.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Kawasaki, T. & Kawai, T. (2014). Front. Immunol. 5, 461.  CrossRef PubMed Google Scholar
Kennedy, C. L., Najdovska, M., Tye, H., McLeod, L., Yu, L., Jarnicki, A., Bhathal, P. S., Putoczki, T., Ernst, M. & Jenkins, B. J. (2014). Oncogene, 33, 2540–2546.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Kenny, E. F., Talbot, S., Gong, M., Golenbock, D. T., Bryant, C. E. & O'Neill, L. A. (2009). J. Immunol. 183, 3642–3651.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Kiziltas, S. (2016). World J. Hepatol. 8, 1354–1369.  CrossRef PubMed Google Scholar
Letiembre, M., Liu, Y., Walter, S., Hao, W., Pfander, T., Wrede, A., Schulz-Schaeffer, W. & Fassbender, K. (2009). Neurobiol. Aging, 30, 759–768.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Liu, S., Hattne, J., Reyes, F. E., Sanchez-Martinez, S., de la Cruz, M. J., Shi, D. & Gonen, T. (2017). Protein Sci. 26, 8–15.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658–674.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
Medzhitov, R. & Janeway, C. Jr (2000). Immunol. Rev. 173, 89–97.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Nannenga, B. L., Shi, D., Leslie, A. G. W. & Gonen, T. (2014). Nat. Methods, 11, 927–930.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Nanson, J. D., Kobe, B. & Ve, T. (2019). J. Leukoc. Biol. 105, 363–375.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Nimma, S., Gu, W., Maruta, N., Li, Y., Pan, M., Saikot, F. K., Lim, B. Y. J., McGuinness, H. Y., Zaoti, Z. F., Li, S., Desa, S., Manik, M. K., Nanson, J. D. & Kobe, B. (2021). Front. Immunol. 12, 784484.  CrossRef PubMed Google Scholar
Oliveira-Nascimento, L., Massari, P. & Wetzler, L. M. (2012). Front. Immun. 3, 79.  Google Scholar
Peet, M. J., Henderson, R. & Russo, C. J. (2019). Ultramicroscopy, 203, 125–131.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Smyth, M. S. & Martin, J. H. J. (2000). Mol. Pathol. 53, 8–14.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Studier, F. W. (2005). Protein Expr. Purif. 41, 207–234.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Takeda, K. & Akira, S. (2005). Int. Immunol. 17, 1–14.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Ve, T., Vajjhala, P. R., Hedger, A., Croll, T., DiMaio, F., Horsefield, S., Yu, X., Lavrencic, P., Hassan, Z., Morgan, G. P., Mansell, A., Mobli, M., O'Carroll, A., Chauvin, B., Gambin, Y., Sierecki, E., Landsberg, M. J., Stacey, K. J., Egelman, E. H. & Kobe, B. (2017). Nat. Struct. Mol. Biol. 24, 743–751.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Williams, C. J., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Prisant, M. G., Videau, L. L., Deis, L. N., Verma, V., Keedy, D. A., Hintze, B. J., Chen, V. B., Jain, S., Lewis, S. M., Arendall, W. B., Snoeyink, J., Adams, P. D., Lovell, S. C., Richardson, J. S. & Richardson, J. S. (2018). Protein Sci. 27, 293–315.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Wu, H. (2013). Cell, 153, 287–292.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Xu, H., Lebrette, H., Clabbers, M. T. B., Zhao, J., Griese, J. J., Zou, X. & Högbom, M. (2019). Sci. Adv. 5, eaax4621.  Web of Science CrossRef PubMed Google Scholar
Xu, Y., Tao, X., Shen, B., Horng, T., Medzhitov, R., Manley, J. L. & Tong, L. (2000). Nature, 408, 111–115.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
Yin, Q., Fu, T. M., Li, J. & Wu, H. (2015). Annu. Rev. Immunol. 33, 393–416.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
Zhu, W., Shenoy, A., Kundrotas, P. & Elofsson, A. (2023). Bioinformatics, 39, btad424.  CrossRef PubMed Google Scholar