The 1.3 Å resolution structure of the truncated group Ia type IV pilin from Pseudomonas aeruginosa strain P1

References

First citationAgirre, J., Atanasova, M., Bagdonas, H., Ballard, C. B., Baslé, A., Beilsten-Edmands, J., Borges, R. J., Brown, D. G., Burgos-Mármol, J. J., Berrisford, J. M., Bond, P. S., Caballero, I., Catapano, L., Chojnowski, G., Cook, A. G., Cowtan, K. D., Croll, T. I., Debreczeni, J. É., Devenish, N. E., Dodson, E. J., Drevon, T. R., Emsley, P., Evans, G., Evans, P. R., Fando, M., Foadi, J., Fuentes-Montero, L., Garman, E. F., Gerstel, M., Gildea, R. J., Hatti, K., Hekkelman, M. L., Heuser, P., Hoh, S. W., Hough, M. A., Jenkins, H. T., Jiménez, E., Joosten, R. P., Keegan, R. M., Keep, N., Krissinel, E. B., Kolenko, P., Kovalevskiy, O., Lamzin, V. S., Lawson, D. M., Lebedev, A. A., Leslie, A. G. W., Lohkamp, B., Long, F., Malý, M., McCoy, A. J., McNicholas, S. J., Medina, A., Millán, C., Murray, J. W., Murshudov, G. N., Nicholls, R. A., Noble, M. E. M., Oeffner, R., Pannu, N. S., Parkhurst, J. M., Pearce, N., Pereira, J., Perrakis, A., Powell, H. R., Read, R. J., Rigden, D. J., Rochira, W., Sammito, M., Sánchez Rodríguez, F., Sheldrick, G. M., Shelley, K. L., Simkovic, F., Simpkin, A. J., Skubak, P., Sobolev, E., Steiner, R. A., Stevenson, K., Tews, I., Thomas, J. M. H., Thorn, A., Valls, J. T., Uski, V., Usón, I., Vagin, A., Velankar, S., Vollmar, M., Walden, H., Waterman, D., Wilson, K. S., Winn, M. D., Winter, G., Wojdyr, M. & Yamashita, K. (2023). Acta Cryst. D79, 449–461.  Web of Science CrossRef IUCr Journals Google Scholar
First citationAsikyan, M. L., Kus, J. V. & Burrows, L. L. (2008). J. Bacteriol. 190, 7022–7034.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationAudette, G. F., Irvin, R. T. & Hazes, B. (2003). Acta Cryst. D59, 1665–1667.  CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationAudette, G. F., Irvin, R. T. & Hazes, B. (2004). Biochemistry, 43, 11427–11435.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationAudette, G. F., van Schaik, E. J., Hazes, B. & Irvin, R. T. (2004). Nano Lett. 4, 1897–1902.  CrossRef CAS Google Scholar
First citationAudette, G. F., Yaseen, A., Bragagnolo, N. & Bawa, R. (2019). Biomedicines, 7, 46.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationBaek, M., DiMaio, F., Anishchenko, I., Dauparas, J., Ovchinnikov, S., Lee, G. R., Wang, J., Cong, Q., Kinch, L. N., Schaeffer, R. D., Millán, C., Park, H., Adams, C., Glassman, C. R., DeGiovanni, A., Pereira, J. H., Rodrigues, A. V., van Dijk, A. A., Ebrecht, A. C., Opperman, D. J., Sagmeister, T., Buhlheller, C., Pavkov-Keller, T., Rathina­swamy, M. K., Dalwadi, U., Yip, C. K., Burke, J. E., Garcia, K. C., Grishin, N. V., Adams, P. D., Read, R. J. & Baker, D. (2021). Science, 373, 871–876.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationBarbarin-Bocahu, I. & Graille, M. (2022). Acta Cryst. D78, 517–531.  Web of Science CrossRef IUCr Journals Google Scholar
First citationBeck, J. M., Young, V. B. & Huffnagle, G. B. (2012). Transl. Res. 160, 258–266.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationBehzadi, P., Baráth, Z. & Gajdács, M. (2021). Antibiotics, 10, 42.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationBongiovanni, M. & Barda, B. (2023). J. Clin. Med. 12, 2252.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationCampbell, A. P., Wong, W. Y., Houston, M. Jr, Schweizer, F., Cachia, P. J., Irvin, R. T., Hindsgaul, O., Hodges, R. S. & Sykes, B. D. (1997). J. Mol. Biol. 267, 382–402.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationCastric, P. A., Sidberry, H. F. & Sadoff, J. C. (1989). Mol. Gen. Genet. 216, 75–80.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationChen, V. B., Arendall, W. B., Headd, J. J., Keedy, D. A., Immormino, R. M., Kapral, G. J., Murray, L. W., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2010). Acta Cryst. D66, 12–21.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationCraig, L., Volkmann, N., Arvai, A. S., Pique, M. E., Yeager, M., Egelman, E. H. H. & Tainer, J. A. (2006). Mol. Cell, 23, 651–662.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationCurran, C. S., Bolig, T. & Torabi-Parizi, P. (2018). Am. J. Respir. Crit. Care Med. 197, 708–727.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationEmsley, P. & Cowtan, K. (2004). Acta Cryst. D60, 2126–2132.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationEmsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G. & Cowtan, K. (2010). Acta Cryst. D66, 486–501.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationEvans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). Acta Cryst. D69, 1204–1214.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationGe, M. & Pan, X. M. (2009). Extremophiles, 13, 481–489.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationGiltner, C. L., Nguyen, Y. & Burrows, L. L. (2012). Microbiol. Mol. Biol. Rev. 76, 740–772.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationGiltner, C. L., Van Schaik, E. J., Audette, G. F., Kao, D., Hodges, R. S., Hassett, D. J. & Irvin, R. T. (2006). Mol. Microbiol. 59, 1083–1096.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationGore, S., Sanz García, E., Hendrickx, P. M. S., Gutmanas, A., Westbrook, J. D., Yang, H., Feng, Z., Baskaran, K., Berrisford, J. M., Hudson, B. P., Ikegawa, Y., Kobayashi, N., Lawson, C. L., Mading, S., Mak, L., Mukhopadhyay, A., Oldfield, T. J., Patwardhan, A., Peisach, E., Sahni, G., Sekharan, M. R., Sen, S., Shao, C., Smart, O. S., Ulrich, E. L., Yamashita, R., Quesada, M., Young, J. Y., Nakamura, H., Markley, J. L., Berman, H. M., Burley, S. K., Velankar, S. & Kleywegt, G. J. (2017). Structure, 25, 1916–1927.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationGorgel, M., Ulstrup, J. J., Bøggild, A., Jones, N. C., Hoffmann, S. V., Nissen, P. & Boesen, T. (2015). BMC Struct. Biol. 15, 4.  Google Scholar
First citationHaenni, M., Bour, M., Châtre, P., Madec, J., Plésiat, P. & Jeannot, K. (2017). Front. Microbiol. 8, 1847.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationHazes, B., Sastry, P. A., Hayakawa, K., Read, R. J. & Irvin, R. T. (2000). J. Mol. Biol. 299, 1005–1017.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationHertle, R., Mrsny, R. & Fitzgerald, D. J. (2001). Infect. Immun. 69, 6962–6969.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationHorzempa, J., Held, T. K., Cross, A. S., Furst, D., Qutyan, M., Neely, A. N. & Castric, P. (2008). Clin. Vaccine Immunol. 15, 590–597.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationJumper, J., Evans, R., Pritzel, A., Green, T., Figurnov, M., Ronneberger, O., Tunyasuvunakool, K., Bates, R., Žídek, A., Potapenko, A., Bridgland, A., Meyer, C., Kohl, S. A. A., Ballard, A. J., Cowie, A., Romera-Paredes, B., Nikolov, S., Jain, R., Adler, J., Back, T., Petersen, S., Reiman, D., Clancy, E., Zielinski, M., Steinegger, M., Pacholska, M., Berghammer, T., Bodenstein, S., Silver, D., Vinyals, O., Senior, A. W., Kavukcuoglu, K., Kohli, P. & Hassabis, D. (2021). Nature, 596, 583–589.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationJurado-Martín, I., Sainz-Mejías, M. & McClean, S. (2021). Int. J. Mol. Sci. 22, 3128.  PubMed Google Scholar
First citationKlausen, M., Heydorn, A., Ragas, P., Lambertsen, L., Aaes-Jørgensen, A., Molin, S. & Tolker-Nielsen, T. (2003). Mol. Microbiol. 48, 1511–1524.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationKrissinel, E. & Henrick, K. (2007). J. Mol. Biol. 372, 774–797.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationKus, J. V., Kelly, J., Tessier, L., Harvey, H., Cvitkovitch, D. G. & Burrows, L. L. (2008). J. Bacteriol. 190, 7464–7478.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationKus, J. V., Tullis, E., Cvitkovitch, D. G. & Burrows, L. L. (2004). Microbiology, 150, 1315–1326.  CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationLanger, G., Cohen, S. X., Lamzin, V. S. & Perrakis, A. (2008). Nat. Protoc. 3, 1171–1179.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationLaskowski, R. A., MacArthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. (1993). J. Appl. Cryst. 26, 283–291.  CrossRef CAS Web of Science IUCr Journals Google Scholar
First citationLento, C., Wilson, D. J. & Audette, G. F. (2016). Struct. Dyn. 3, 012001.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationLeslie, A. G. W. (2006). Acta Cryst. D62, 48–57.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationLovell, S. C., Davis, I. W., Arendall, W. B., de Bakker, P. I. W., Word, J. M., Prisant, M. G., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2003). Proteins, 50, 437–450.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationMcCallum, M., Burrows, L. L. & Howell, P. L. (2019). Microbiol. Spectr. 7, 7.2.02.  CrossRef Google Scholar
First citationMcCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658–674.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationMcCoy, A. J., Sammito, M. D. & Read, R. J. (2022). Acta Cryst. D78, 1–13.  Web of Science CrossRef IUCr Journals Google Scholar
First citationMirdita, M., Schütze, K., Moriwaki, Y., Heo, L., Ovchinnikov, S. & Steinegger, M. (2022). Nat. Methods, 19, 679–682.  Web of Science CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationMorris, R. J., Perrakis, A. & Lamzin, V. S. (2003). Methods Enzymol. 374, 229–244.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationMurshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). Acta Cryst. D67, 355–367.  Web of Science CrossRef CAS IUCr Journals Google Scholar
First citationNatalini, J. G., Singh, S. & Segal, L. N. (2023). Nat. Rev. Microbiol. 21, 222–235.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationNeuhaus, A., Selvaraj, M., Salzer, R., Langer, J. D., Kruse, K., Kirchner, L., Sanders, K., Daum, B., Averhoff, B. & Gold, V. A. M. (2020). Nat. Commun. 11, 2231.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationNg, Q. X., Ong, N. Y., Lee, D. Y. X., Yau, C. E., Lim, Y. L., Kwa, A. L. H. & Tan, B. H. (2023). Antibiotics, 12, 409.  CrossRef PubMed Google Scholar
First citationNguyen, Y., Jackson, S. G., Aidoo, F., Junop, M. & Burrows, L. L. (2010). J. Mol. Biol. 395, 491–503.  Web of Science CrossRef PubMed CAS Google Scholar
First citationNicholls, R. A., Fischer, M., McNicholas, S. & Murshudov, G. N. (2014). Acta Cryst. D70, 2487–2499.  Web of Science CrossRef IUCr Journals Google Scholar
First citationOchner, H., Böhning, J., Wang, Z., Tarafder, A. K., Caspy, I. & Bharat, T. A. M. (2024). bioRxiv, 2024.04.09.588664.  Google Scholar
First citationOeffner, R. D., Croll, T. I., Millán, C., Poon, B. K., Schlicksup, C. J., Read, R. J. & Terwilliger, T. C. (2022). Acta Cryst. D78, 1303–1314.  Web of Science CrossRef IUCr Journals Google Scholar
First citationPasloske, B. L., Sastry, P. A., Finlay, B. B. & Paranchych, W. (1988). J. Bacteriol. 170, 3738–3741.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationPersat, A., Inclan, Y. F., Engel, J. N., Stone, H. A. & Gitai, Z. (2015). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 112, 7563–7568.  CrossRef CAS PubMed Google Scholar
First citationPetrov, A., Lombardo, S. & Audette, G. F. (2013). J. Nanobiotechnol. 11, 24.  CrossRef Google Scholar
First citationPotterton, E., Briggs, P., Turkenburg,

留言 (0)

沒有登入
gif